Juan Carlos Martín estudió la licenciatura en Cine en el Centro de Capacitación Cinematográfica. En 1986 dirigió el cortometraje "Epílogo" y en 1987 "Cumpleaños Feliz".

En el 2002 realiza su primer largometraje "Gabriel Orozco", por el cual recibió el Ariel por mejor Opera Prima, el Premio Mayahuel del Festival de Cine Mexicano de Guadalajara 2002 como mejor director, mejor pelicula y mejor diseño sonoro. En 2003, Expresión en Corto le otorgó el premio al mejor documental y en el Festival Internacional de Miami fue nombrado el mejor documental Iberoamericano.

En el 2005, el cortometraje "Casi nunca pasa nada" es seleccionado para el Festival de Cine Mexicano de Guadalajara, el festival de Rótterdam y gana el premio a la mejor fotografía en el Festival de cine de Morelia.

En el 2008 estrena su segundo largometraje: "40 días", su primer largometraje de ficción, fue seleccionado para el Festival de Cine de Guadalajara en 2008, y ha sido mostrado, en el Hola México International Film Festival de Sidney, Los Angeles, Chicago y Nueva York, y fue seleccionado también para el Maine International Film Festival y el Seoul Independent Film Festival en 2009.

En el 2009 dirije el cortometraje: "Hilos y cables" y en el 2010 el cortometraje "Háblame"

Ha dirigido más de ochocientos anuncios para la televisión comercial y no comercial mexicana.

Juan Carlos Martín también ha realizado videos para Santa Sabina, Romántico Desliz, Víctimas del Dr. Cerebro, Maná, La Ley, Molotov, Shakira, Ian Brown, Moenia, Joselo entre otros. Algunos de los premios que ha recibido son los MTV Video Music Awards por mejor director y mejor editor.

Se encuentra en la etapa de post producción la película "Triunfo de la Libertad: un postdocumental sobre Gabriel Orozco" y preparando la película de ficción "El Plan de París".